内 容
遺伝情報を担う「柔らかな物質」である、DNA とタンパク質の複合体＝クロマチン。その構造・運動・機能と、三者が相互に連関し安定的に遺伝子活動を制御する仕組みに、実験・理論・シミュレーションから迫る。分子生物学と物理学の垣根を越え、ミクロとメゾをつなぐ画期的著作。
目 次
はしがき
第1章 物理学者からの問いかけ
1-1 遺伝情報を担う物質
1-2 残された半分の問い
1-3 情報ソフトマター
第2章 情報ソフトマターとしてのクロマチン
2-1 クロマチンの柔らかい情報処理
2-2 Hi-C 法で見るクロマチン構造
2-3 コンパートメント、ドメイン、そしてループ
2-4 ヌクレオソーム凝縮原理：顕微鏡で見るクロマチン構造
2-5 ループ押し出しか？ ループ捕獲か？
2-6 染色体配置はテリトリー型か？ ラブル型か？
2-7 クロマチンの階層構造
第3章 クロマチンは動いている
3-1 酵母細胞のゲノムシミュレーション
3-2 生細胞イメージング
3-3 クロマチンのアクティブな運動
3-4 ドメイン形成の理論：
コヒーシン動的二量体によるループ捕獲仮説
第4章 クロマチンの動きがつくる階層構造
4-1 これまでの理論とその限界
4-2 粗視化されたクロマチン領域間の相互作用
4-3 動きの違いがもたらすクロマチン相分離
4-4 クロマチン相分離による階層構造の形成
第5章 生命のソフトな情報処理
5-1 転写ハブ，そして転写ファクトリー
5-2 ヒストン修飾とドメイン
5-3 遺伝子ネットワークの非線形ダイナミクス
第6章 揺らぎの中に生命を見る
参考文献
索引（物理科学・統計科学）
索引（生物学・生物物理学）
【ノート】
細胞と量子力学
揺動散逸関係
細胞周期
Levinthal パラドクス
ロジスティック-LASSO 回帰
RNA ポリメラーゼ II
超解像顕微鏡
Fluorescence in Situ Hybridization（FISH）法
Asakura-Oosawa メカニズム
Auxin-inducible Degron（AID）法
Richardson-Lucy 法
最大エントロピー（Maximum Entropy）法
相分離と相転移
タンパク質フォールディングの粗視化モデル
MS2-MCP 法
断熱極限
Gillespie アルゴリズム
関連書
『宇宙史を物理学で読み解く』 福井康雄 監修／飯嶋 徹・杉山 直・平島 大・伊藤 繁 編
『物理学ミニマ』 杉山 直 監修／野尻伸一・伊藤好孝・藤 博之・門田健司 著
『20世紀物理学史 上・下』 ヘリガ・カーオ 著／岡本拓司 監訳／有賀暢迪・稲葉 肇 他訳
『生命科学の実験デザイン［第4版］』 G・D・ラクストン、N・コルグレイヴ 著／麻生一枝・南條郁子 訳
